Este es un ciclo con una duración de dos años y en el que el colegio imparte las siguientes modalidades:

- Bachillerato de Humanidades y Ciencias Sociales.
- Bachillerato de Ciencias de la Naturaleza y de la Salud.
- Bachillerato Tecnológico.

Todas las modalidades de Bachillerato se ofertan en modelo A y D.

En esta etapa, entre otros objetivos, se pretende que el alumno/a alcance capacidades que le preparen para su posible próximo ingreso en la universidad, sea capaz de desarrollar materias mediante su propia tarea de consulta e investigación, se convierta en una persona crítica, solidaria, que conozca la cultura vasca, su lengua, así como otras lenguas….

Como actividades más destacadas de la etapa destacamos las siguientes:

- Tutoría personalizada con los alumnos.
- Orientación académica y vocacional: orientación universitaria u orientación dirigida a Ciclos Formativos de Grado Superior.